人类殖民星球遭到外星人库克托尼亚人的袭击，守护驻军被消灭，留下 13 名儿童。故事讲述他们乘坐地球军事训练舰“Janus”号，与使用名为“Roundburnians”的人形武器的外星人作战，以拯救被外星人俘虏的家人和朋友。故事根据儒勒·凡尔纳的小说《两年假期》（男生称之为“两年假期”）改编。宇宙版《少年的假期》的构思是在《机动战士高达》的企划过程中产生的，但随着《高达》走向了不同的方向，本作是以此为主题的新动画，因此富野由悠季的名字被冠以“原作作者”之名。
幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。
以霍雨浩为首的唐门代表团，在明都参加的全大陆高级魂师大赛到了尾声。日月帝国太子徐天然为了一统大陆的野心，事先在各国参赛队伍的归途中设下埋伏。霍雨浩等人潜入日月帝国的地下仓库，使徐天然多年的筹备付之一炬。随后，霍雨浩一众在躲避日月帝国的追捕时不慎进入乾坤问情谷，开始面临真情考验。
