人类殖民星球遭到外星人库克托尼亚人的袭击，守护驻军被消灭，留下 13 名儿童。故事讲述他们乘坐地球军事训练舰“Janus”号，与使用名为“Roundburnians”的人形武器的外星人作战，以拯救被外星人俘虏的家人和朋友。故事根据儒勒·凡尔纳的小说《两年假期》（男生称之为“两年假期”）改编。宇宙版《少年的假期》的构思是在《机动战士高达》的企划过程中产生的，但随着《高达》走向了不同的方向，本作是以此为主题的新动画，因此富野由悠季的名字被冠以“原作作者”之名。
空间中有两个世界，一个叫元，一个叫易。两个世界的人生死相依，若一个世界的你死去，另一个世界的你也将同时死去，一个自称“解梦人”的神秘女人这样告诉元世界的念阳枭。元世界念阳枭的父亲念正元突然离世也印证了这一点，为了保护自己心慕之人——空灵慧免遭意外死亡，念阳枭毅然决然跨越两个世界的边缘来到易世界，去寻找一个身上有红色印记的女人，因为这个女人会直接导致易世界空灵慧的死亡进而直接威胁心怡之人的性命。为此，念阳枭踏入易世界获得超乎想象能力的同时，他再也无法回到回来的世界。
我闻悠太（梶裕贵 配音）是一位胸怀大志的高中二年级学生，他的理想就是一夜暴富。为了实现自己的梦想，悠太一直经营着一个名为“轻轻松松破假象”的人气博客，致力于用科学的方式来解释一切超自然灵异现象。这个博客的存在令一波古怪而又狂热的角色们走到了一起。天真浪漫，能够和人迅速拉近距离的灵媒成泽棱歌（佐仓绫音 配音）、在网络上有着极高人气的占卜师相川实优羽（吉田仁美 配音）、冷若冰霜的黑魔术代行红之亚里亚（泽城美雪 配音）、能够预知未来的工口漫画家西园梨梨花（能登麻美子 配音），在这些怪人的围绕之下，悠太还能够理直气壮的表示，超自然现象并不存在吗？
