人类殖民星球遭到外星人库克托尼亚人的袭击，守护驻军被消灭，留下 13 名儿童。故事讲述他们乘坐地球军事训练舰“Janus”号，与使用名为“Roundburnians”的人形武器的外星人作战，以拯救被外星人俘虏的家人和朋友。故事根据儒勒·凡尔纳的小说《两年假期》（男生称之为“两年假期”）改编。宇宙版《少年的假期》的构思是在《机动战士高达》的企划过程中产生的，但随着《高达》走向了不同的方向，本作是以此为主题的新动画，因此富野由悠季的名字被冠以“原作作者”之名。
在500年前，蚩尤欲引入化外毁灭三界，天地存亡旦夕不保，有十五位英雄联以生命为代价，终将蚩尤封印于战神山武神坛，500年后蚩尤破封在即，人间群魔骚动，三界有志之士携手挽救苍生，故事就此开始... ....前世结的缘，今生何以再续？
