人类殖民星球遭到外星人库克托尼亚人的袭击，守护驻军被消灭，留下 13 名儿童。故事讲述他们乘坐地球军事训练舰“Janus”号，与使用名为“Roundburnians”的人形武器的外星人作战，以拯救被外星人俘虏的家人和朋友。故事根据儒勒·凡尔纳的小说《两年假期》（男生称之为“两年假期”）改编。宇宙版《少年的假期》的构思是在《机动战士高达》的企划过程中产生的，但随着《高达》走向了不同的方向，本作是以此为主题的新动画，因此富野由悠季的名字被冠以“原作作者”之名。
小魔仙夏乐彤、颜可可、白尹玥带着她们的穿梭精灵伙伴，布丁、咪噜和鹿比，守护着灵春之庭、幻夏之屿和暖秋之苑。来自凛冬之崖的守护者司齐，在夜落的蒙蔽和蛊惑下，帮助他突破了冰墙封印。恢复自由的夜落为了获取强大的自然能量，抢夺蝶梦星，企图让黑暗笼罩四季。悔恨不已的司齐为了对抗夜落，加入小魔仙，并进入星缘中学学习知识。开阔了眼界的他，逐渐发现自然的奥妙，汇聚了属于自己的蝶梦星。在这个过程中，他和小魔仙彼此包容，共同对抗夜落，建立了新的羁绊。四季循环，生生不息，最终，她们凭借强大的意志，和守护四季的信念，集齐十二颗蝶梦星，用四季的自然能量，打败夜落，化解了黑暗危机。
我自虚空而来，举手诸天崩碎，覆手黄泉寂灭；我为魔、为神、为仙、为人。我是萧晨
故事发生在秀知院学园之中，只有在智商上非常顶尖的少年少女们才能够获得进入这所学园学习的资格，而在学园的学生会中，更是汇聚了就算在这间学园里也能算得上是数一数二的精英们。白银御行（古川慎 配音）是学生会的会长，虽然出生在贫穷的家庭之中，但他凭借着自己的极端努力在学生中脱颖而出。
